书院兴起于唐，盛行于宋，即便宋金元更替之际，由于战争频繁，全国的书院被战争毁坏的很多。
但在战争结束后，“元朝统治者对于书院采取保护、提倡和加强控制的政策”。
元朝鼓励书院建设的同时，积极将书院转为官学。
例如书院教师由官府任命，招生、考试等由官府主导，书院经费由官府提供。
也就是从元朝开始，程朱理学成为了国家正统思想，而各大书院的讲学内容也基本就是程朱理学了，从此书院就开始失去了“百家争鸣”的特征了。
所以元朝时期，书院是为朝廷服务，自然不存在太多问题。
而到了明朝情况变化很大，特别是两大著名的心学讲学者，分别是湛若水和王阳明。
也正是因为他们的推广，致使私人讲学之风兴起，书院突然进入中兴期，并很快进入快速发展轨道，步入辉煌期。
陆王心学始终不是明朝官方的学问，湛若水、王阳明等大肆讲学，宣传心学，这必然会遭到程朱理学的攻击，同时也会遭到官府的打压。
明朝第一次毁灭书院是1537年，当时有御史游居敬疏斥南京吏部尚书湛若水“倡其邪学，广收无赖，私创书院”，于是嘉靖皇帝下令毁掉湛若水创办的所有书院。
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